O acervo do Arquivo Regional, diversificado e de grande interesse para o estudo da história e cultura atlântica portuguesas, remonta ao século XV e ao povoamento insular. Ocupa cerca de 16.000 metros lineares de estanteria e engloba arquivos de instituições públicas e privadas deste arquipélago, bem como de famílias e personalidades. Destacam-se, entre outros, arquivos com as seguintes proveniências:

• Alfândega do Funchal, administrações dos concelhos e câmaras municipais, que abrangem os mais variados aspetos da vida e da administração do arquipélago desde o século XV. O acervo da Câmara Municipal do Funchal inclui as atas das vereações mais antigas do espaço atlântico.
• Tribunais judiciais de comarca, entre outros especializados, como os tribunais do Trabalho ou do Comércio.
• Arquivos de diversas instituições do Antigo Regime: o dos Governadores e Capitães-Generais, Provedoria da Real Fazenda, Misericórdias, Juízo dos Resíduos e Provedoria das Capelas, Juízo de Fora do Funchal, juízos dos órfãos.
• Arquivos que documentam as relações do distrito do Funchal com a Coroa, na vigência da Monarquia Constitucional, ou com a Administração Central da 1.ª República e do Estado Novo: Governo Civil do Distrito do Funchal, Delegação de Turismo da Madeira, Circunscrição Florestal do Funchal ou Junta Geral do Distrito do Funchal. Neste último particular, destacam-se as várias incorporações realizadas desde 2005, que permitiram a entrada de arquivos dos diferentes serviços da Junta Geral: Secretaria da Junta Geral, Direção de Serviços Industriais, Elétricos e de Viação, Direção de Obras Públicas, Estação Agrária da Madeira, Intendência de Pecuária.
• Repartições de Finanças de toda a ilha, destacando-se as séries de processos de liquidação das sucessões e doações e os registos das matrizes prediais.
• Serviços da Administração Regional Autónoma: extintas Secretarias Regionais da Economia e Cooperação Externa, do Comércio e Transportes, do Plano, entre outras.
• Arquivos que enquadram o ensino público e documentam práticas históricas de ação pedagógica e administração escolar na Madeira: Liceu Jaime Moniz, Escola Industrial e Comercial do Funchal, Escola do Magistério Primário do Funchal, Delegações Escolares concelhias da Madeira.
• Paróquias e Conservatórias do Registo Civil: incluem, entre outros, os livros dos registos de batismos/nascimentos, casamentos e óbitos.
• Cartórios notariais, sendo os mais antigos os de João e Manuel de Tavira de Cartas (Funchal, século XVI), Sebastião Álvares e Luís Álvares Riscado (Ribeira Brava, século XVI).
• Confrarias e irmandades, instituições que promoviam o esplendor do culto e realizavam obras de misericórdia.
• Arquivos de famílias e espólios pessoais: oferecem um manancial de informações para o estudo de instituições como o morgadio ou o regime de colonia, para o conhecimento de personalidades de relevo, como o arcebispo D. Aires de Ornelas e Vasconcelos, o genealogista Henrique Henriques de Noronha, o político Visconde do Porto da Cruz, ou os investigadores madeirenses Fernando Augusto da Silva e Eduardo Nunes Pereira, entre outras personalidades.
• Coleções e arquivos fotográficos – De realçar as coleções do Arquivo Regional da Madeira, que ilustram o quotidiano madeirense dos séculos XIX e XX, o património urbano e rural edificado e o património artístico insular. Coleção não contabilizada em virtude de o seu tratamento se encontrar em curso. Destaque-se a entrada, a título de depósito, do arquivo fotográfico procedente do então Museu-Photographia Vicentes, atual Museu de Fotografia da Madeira – Atelier Vicente’s, que inclui o espólio fotográfico das várias gerações dos fotógrafos da geração Vicentes mas também compreende o vasto património fotográfico da Madeira desde a segunda metade do século XIX até à década de 80 do século XX. Este valioso, e ainda em muitos casos, desconhecido património contempla mais de 3 milhões de espécies fotográficas dos mais variados processos fotográficos e temas, representando muitos fotógrafos profissionais e amadores, bem como os mais importantes ateliês fotográficos.